Crédit d’impôt recherche pour une startup deeptech : remboursement immédiat et rescrit avant de déposer son dossier

Oui, une startup peut se faire rembourser son crédit d’impôt recherche dès l’année qui suit les dépenses, sans attendre trois ans : la créance est immédiatement remboursable pour les entreprises nouvelles (année de création et quatre années suivantes, sous conditions de capital), les jeunes entreprises innovantes et toutes les PME au sens européen. Et si l’éligibilité de votre projet fait débat, un rescrit déposé au moins six mois avant la date limite de déclaration vous apporte une réponse opposable, le silence de l’administration pendant trois mois valant accord.

Le principe : imputation, puis remboursement au bout de trois ans

Le CIR s’impute sur l’impôt sur les sociétés ou sur le revenu dû au titre de l’année où les dépenses ont été exposées, au moment du paiement du solde. L’excédent devient une créance sur l’État, utilisable pour payer l’impôt des trois années suivantes, puis remboursée pour la fraction non utilisée (BOI-BIC-RICI-10-10-50). Pour une jeune entreprise déficitaire, qui n’a pas d’impôt à payer, ce schéma reviendrait à attendre plusieurs années : c’est pourquoi le remboursement immédiat est décisif. La créance peut aussi être cédée ou nantie auprès d’un établissement de crédit, avec le certificat de créance n° 2574-SD.

Les quatre cas de remboursement immédiat

Entreprise nouvelle : la condition de capital

Le capital doit être entièrement libéré et détenu de manière continue à 50 % au moins par des personnes physiques, par une société elle-même détenue à 50 % au moins par des personnes physiques, ou par des sociétés de capital-risque, FCPR, fonds professionnels de capital investissement, sociétés de libre partenariat, sociétés de développement régional, sociétés financières d’innovation ou SUIR, sans lien de dépendance avec l’entreprise. Cette condition doit être respectée tout au long des années au cours desquelles les dépenses ont été exposées. Pour le caractère réellement nouveau de l’activité, le BOFiP renvoie à l’article 44 sexies du CGI, que la base ne détaille pas.

PME européenne : attention aux investisseurs

Une startup financée par des fonds peut perdre son autonomie au sens européen : une entreprise détenue à 25 % ou plus par une autre doit agréger les données de ses partenaires (proportionnellement entre 25 % et 50 %) ou de ses entreprises liées (en totalité). Le seuil de 25 % peut toutefois être dépassé sans perte d’autonomie en présence de certains investisseurs non liés : sociétés de capital-risque et personnes physiques investissant régulièrement en capital-risque, dès lors que leur investissement dans l’entreprise n’excède pas 1 250 000 €, universités et centres de recherche à but non lucratif, investisseurs institutionnels. Les seuils s’apprécient sur le dernier exercice clos au jour de la demande, et leur dépassement ne fait perdre la qualité de PME qu’après deux exercices consécutifs.

JEI : la qualification ouvre le remboursement quelle que soit l’année de création

Selon le guide du CIR 2025, une JEI peut obtenir le remboursement immédiat de la créance constatée au titre d’une année où elle bénéficie de la qualification, quelle que soit son année de création. Parmi les conditions du statut figure une part minimale de dépenses de recherche dans les charges fiscalement déductibles : 15 %, portée à 20 % à partir du 1er mars 2025. Le statut peut être sécurisé par un rescrit JEI spécifique (article L. 80 B, 4° du LPF), à déposer avant la date légale de dépôt de la liasse fiscale.

Moins de deux ans d’existence : les pièces à joindre

Une entreprise créée depuis moins de deux ans à la date de sa demande doit présenter spontanément les pièces qui établissent la réalité de ses dépenses de recherche : contrats, factures, DSN, bulletins de paie des chercheurs et techniciens ou tout autre moyen de preuve (BOI-BIC-RICI-10-10-60). Il n’est pas exigé de fournir les justificatifs de toutes les catégories de dépenses. L’ancienneté s’apprécie à partir de la date de début d’activité déclarée au guichet unique.

En pratique, une société à l’IS qui est une PME mentionne la créance restituable sur son relevé de solde n° 2572-SD : la créance de l’année N est alors remboursable en N+1 après liquidation de l’impôt. Le guide du CIR 2025 rappelle que la demande de remboursement constitue une réclamation contentieuse, qui peut donner lieu à une vérification sur pièces, distincte d’un éventuel contrôle fiscal ultérieur.

Le rescrit CIR : sécuriser l’éligibilité avant de déclarer

• Délai : la demande doit être déposée au moins six mois avant la date limite de dépôt de la 2069-A-SD. Exemple du BOFiP : une société à l’IS qui clôture au 31 décembre N, et doit déposer son relevé de solde au plus tard le 15 mai N+1, doit envoyer sa demande au plus tard le 15 novembre N. Une demande tardive est irrecevable et ne peut pas donner lieu à un accord tacite.
• Réponse : l’administration dispose de trois mois ; son silence vaut accord tacite opposable en cas de contrôle. Une réponse négative non motivée équivaut aussi à un accord tacite une fois le délai écoulé. Si le dossier est incomplet, le délai ne court qu’à réception de toutes les pièces.
• Deux portes d’entrée : l’administration fiscale, qui peut consulter les services du ministère de la recherche (L. 80 B, 3°), ou directement le délégué régional académique à la recherche et à l’innovation (DRARI, L. 80 B, 3° bis). Envoyer la même demande par plusieurs canaux expose à la nullité de la procédure.
• Contenu : un seul projet par demande, présenté de façon précise, complète et sincère, sur le modèle de impots.gouv.fr. Le guide insiste sur une description scientifique : verrou, état de l’art, démarche, résultats attendus, rôle de chaque personne, équipements utilisés.
• Projet pluriannuel : la demande intervient six mois avant la première déclaration concernée ; une modification ultérieure du projet peut faire l’objet d’une demande de révision (rescrit dit « roulant »), dans le même délai.
• En cas de refus : vous disposez de deux mois pour demander un second examen ; l’administration répond dans les trois mois après avis d’une commission.

La garantie ne vaut que pour le projet décrit et pour l’entreprise qui l’a demandée, et seulement si la situation réelle correspond à la demande ; elle n’exclut pas un contrôle des éléments comptables. Si vous avez déjà déposé votre déclaration, il reste le contrôle sur demande (article L. 13 CA du LPF), ouvert à toutes les entreprises pour le CIR.

Les erreurs qui coûtent cher à une jeune entreprise

• Compter sur le doublement « jeunes docteurs » pour un recrutement de 2025 : il est supprimé pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025.
• Sous-traiter l’essentiel de la R&D : les dépenses externalisées sont plafonnées à trois fois les dépenses internes.
• Oublier de déduire les subventions publiques et les PTZI de Bpifrance perçus pour le projet.
• Ne pas documenter le temps passé par chercheur et par opération : toute répartition forfaitaire est exclue.
• Déposer le rescrit après l’échéance des six mois, ou attendre un contrôle pour rédiger le dossier justificatif.

Pour vérifier votre propre situation, la base CIR / CII de Kopik répond à partir du BOFiP, du guide du CIR 2025 et des fiches officielles, en citant ses sources. Essayez par exemple : « Je viens de créer ma startup deeptech cette année : puis-je demander le remboursement immédiat de mon CIR sans attendre trois ans ? ». Pour la doctrine complète du rescrit, la source officielle est le BOI-SJ-RES-10-20-20-20.