CIR ou CII : quelles différences de taux, de dépenses éligibles et de plafonds ?

Le crédit d’impôt recherche (CIR) finance des travaux de R&D qui lèvent une incertitude scientifique ou technique ; il est ouvert à toutes les entreprises imposées selon un régime réel, au taux de 30 % jusqu’à 100 M€ de dépenses puis 5 %. Le crédit d’impôt innovation (CII) finance la conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits ; il est réservé aux PME, au taux de 20 % depuis 2025, dans la limite de 400 000 € de dépenses par an. Les deux se déclarent sur le même formulaire et peuvent se succéder sur un même projet, sans jamais couvrir deux fois la même dépense.

Le comparatif en un tableau

Le CIR : de la R&D au sens du Manuel de Frascati

Le BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-10-10-20) définit la recherche éligible par référence au Manuel de Frascati de l’OCDE : recherche fondamentale, recherche appliquée et développement expérimental. Chaque opération doit satisfaire cinq critères :

• comporter un élément de nouveauté ;
• comporter un élément de créativité ;
• comporter un élément d’incertitude ;
• être systématique, c’est-à-dire planifiée et budgétée ;
• être transférable et/ou reproductible.

Le point de départ est l’état des techniques existantes : une recherche bibliographique et une analyse des approches disponibles au début des travaux. Si le problème n’y trouve pas de solution, il s’agit d’un verrou qui justifie une opération de R&D. Si une solution accessible permet de le contourner, les travaux relèvent de l’ingénierie et ne sont pas éligibles au CIR. Les tests de routine, la résolution de problèmes courants ou les modifications périodiques de produits existants n’en font pas partie non plus.

Le CII : la notion de « nouveau produit »

Le CII ne demande pas de verrou scientifique. Il vise un bien corporel ou incorporel qui remplit deux conditions cumulatives : il n’est pas encore mis sur le marché, et il se distingue des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, de l’éco-conception, de l’ergonomie ou des fonctionnalités. Le marché s’entend de l’entreprise et de ses concurrentes : un produit nouveau pour l’entreprise mais déjà proposé par d’autres n’est pas éligible. La supériorité doit être sensible, observable et mesurable, par exemple par des tests.

Seules les innovations de produit comptent : les innovations de procédé, de commercialisation ou d’organisation sont exclues, tout comme une innovation portant sur un service, sauf pour le bien qu’elle intègre. La fiche Service Public sur le CII (vérifiée le 20 février 2026) cite l’exemple d’une plateforme SaaS, éligible si elle constitue un nouveau produit incorporel aux performances supérieures. Ne sont pas considérés comme de nouveaux produits la production sur mesure, les modifications saisonnières et les mises à jour mineures, comme l’ajout d’un bouton ou d’un menu contextuel.

Taux et plafonds en chiffres

Au CIR, le seuil de 100 M€ s’apprécie sur les dépenses de recherche et de collection, ainsi que sur les dépenses déclarées au crédit d’impôt recherche collaborative (CICo) ; les dépenses d’innovation du CII n’y sont pas prises en compte. Le taux majoré de 50 % vise les exploitations situées en Guadeloupe, en Guyane, à La Réunion, en Martinique et à Mayotte. Au CII, le plafond de 400 000 € s’applique une seule fois par an, quel que soit le nombre de prototypes, ce qui donne les crédits maximaux suivants :

• 80 000 € au taux de droit commun de 20 % ;
• 240 000 € au taux de 60 % dans les départements d’outre-mer ;
• 160 000 € pour une petite entreprise en Corse (40 %) : moins de 50 personnes et chiffre d’affaires ou total de bilan n’excédant pas 10 M€ ;
• 140 000 € pour une moyenne entreprise en Corse (35 %) : de 50 à 250 personnes et chiffre d’affaires n’excédant pas 50 M€ ou total de bilan n’excédant pas 43 M€.

La qualité de PME s’apprécie à la date de fin du dernier exercice clos au jour du dépôt de la déclaration ; un dépassement des seuils ne la fait perdre qu’après deux exercices consécutifs. Le bénéfice du CII est aussi subordonné au règlement général d’exemption par catégorie (RGEC) : en sont exclues notamment les entreprises en difficulté au sens de ce règlement.

Combiner CIR et CII sur un même projet

Une même opération peut relever successivement du CIR puis du CII : une phase de R&D peut s’intercaler entre des activités innovantes lorsqu’une incertitude technique apparaît, et le développement d’un produit peut passer de la levée d’un verrou à la conception du prototype. La règle est simple : les dépenses déjà retenues au CIR pour une phase de R&D ne peuvent pas être prises en compte au CII, et réciproquement. D’où l’intérêt d’un découpage clair des phases et du temps passé par chaque salarié dans le dossier justificatif.

Ce que les deux dispositifs ont en commun

• Une seule déclaration 2069-A-SD, déposée avec le relevé de solde d’IS ou la déclaration de résultats.
• Les mêmes règles d’utilisation : imputation sur l’impôt de l’année, report sur trois ans puis remboursement, ou remboursement immédiat pour les PME, JEI et entreprises nouvelles.
• La déduction des subventions publiques reçues pour les projets.
• Le rescrit, à déposer au moins six mois avant la date limite de déclaration, avec réponse sous trois mois. Pour le CII, la demande va uniquement à l’administration fiscale, qui consulte les services de l’État chargés de l’innovation (DRIEETS), et la validation d’un montant plancher de dépenses ne lui est pas ouverte.
• Un contrôle de la réalité de l’affectation des dépenses : par les agents du ministère de la recherche pour le CIR ; par l’administration fiscale, qui peut s’adresser au ministère chargé de l’industrie ou à la DRIEETS, pour le CII.

Certains cas sortent du périmètre de la base : par exemple le traitement du CIR dans les collectivités d’outre-mer autres que les cinq DOM cités, ou la comptabilisation de la créance en normes IFRS. Pour le reste, la base CIR / CII de Kopik répond à partir du BOFiP, du guide du CIR 2025 et des fiches Service Public, en citant ses sources. Essayez : « Je suis une petite entreprise installée en Corse : quel taux de CII puis-je appliquer, et jusqu’à quel montant de dépenses ? ».