CIR et CII 2025 : le guide des dépenses éligibles et des justificatifs à conserver

L’assiette du crédit d’impôt recherche se construit en additionnant des catégories précises de dépenses (personnel de recherche, amortissements, forfait de fonctionnement, sous-traitance agréée, normalisation), puis en retranchant les subventions publiques, les PTZI de Bpifrance et une partie des honoraires de conseil. Pour les dépenses de 2025, l’année est coupée en deux par la loi de finances pour 2025 : le forfait de fonctionnement passe de 43 % à 40 % des dépenses de personnel à compter du 15 février 2025. Ce guide suit l’ordre de la déclaration 2069-A-SD et liste les justificatifs à conserver.

Deux conditions communes à toutes les dépenses

• Correspondre à des opérations de recherche localisées dans l’Union européenne ou dans un État de l’EEE ayant conclu avec la France une convention d’assistance administrative contre la fraude et l’évasion fiscales.
• Être des dépenses retenues pour le résultat imposable à l’IR ou à l’IS dans les conditions de droit commun : une rémunération non déductible n’entre pas dans l’assiette.
• Le CIR est calculé par année civile, quelle que soit la date de clôture : un exercice clos le 30 septembre ne change rien à la période de dépenses retenue.
• Des frais de développement immobilisés peuvent être déclarés l’année où ils sont exposés, à condition de reconstituer chaque catégorie de dépense et de ne pas les reprendre ensuite via l’amortissement de l’immobilisation.

Les dépenses de personnel de recherche

Selon le guide du CIR 2025 du ministère, elles représentent en moyenne 50 % des dépenses déclarées. Sont visés les chercheurs (scientifiques titulaires au minimum d’un master ou ingénieurs, y compris les salariés assimilés ingénieurs par leur expérience) et les techniciens de recherche qui travaillent en étroite collaboration avec eux. Les stagiaires qui remplissent ces conditions et les apprentis sont assimilés à des techniciens. Peuvent aussi entrer : le personnel mis à disposition et les intérimaires de recherche, les volontaires internationaux en entreprise (VIE), et les rémunérations supplémentaires versées aux salariés auteurs d’une invention.

Sont retenus les salaires, congés payés, avantages en nature, primes, la participation et l’intéressement, ainsi que les cotisations sociales obligatoires (assurances sociales, chômage, retraite complémentaire, prévoyance). Sont exclus notamment le forfait social, la taxe d’apprentissage, le versement mobilité, les contributions à la médecine du travail et le personnel de soutien (administratif, juridique, commercial, maintenance), déjà couvert par le forfait de fonctionnement.

Pour un salarié partiellement affecté à la R&D, la rémunération est retenue au prorata du temps réellement passé, toute détermination forfaitaire étant exclue. Exemple du BOFiP : un salarié à 50 % sur la recherche, rémunéré 120 000 € charges obligatoires comprises, compte pour 60 000 €. Le dispositif « jeunes docteurs » (doublement des dépenses de personnel pendant deux ans) est supprimé pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025.

Le cas du dirigeant

Dans une société à l’IS, la rémunération d’un dirigeant, salarié ou non, entre dans l’assiette s’il participe effectivement et personnellement aux projets éligibles, si elle est déductible, et pour la seule part liée à la recherche. Exemple actualisé du BOFiP pour une SARL : 10 000 € d’amortissements, 360 000 € de personnel (dont 60 000 € pour le gérant majoritaire), un forfait de fonctionnement de 10 000 × 75 % + 360 000 × 40 % = 151 500 € et 470 000 € d’autres dépenses donnent une assiette de 991 500 € et un CIR de 297 450 €. Dans une entreprise à l’IR, la rémunération du dirigeant n’est pas déductible : seul un forfait égal au salaire moyen d’un cadre peut servir de base au forfait de fonctionnement.

Amortissements et forfait de fonctionnement à 40 %

Seules comptent les dotations aux amortissements de biens créés ou acquis à l’état neuf et affectés directement à la recherche : instruments, ordinateurs, machines fabriquant les pièces d’un prototype. Téléphones, petit matériel et meubles de bureau sont exclus. En cas d’usage mixte, l’amortissement est proratisé selon le temps d’utilisation pour la recherche. Les biens en crédit-bail sont admis, sur attestation du bailleur jointe à la 2069-A-SD.

Les autres frais de fonctionnement ne se justifient pas : ils sont fixés forfaitairement à 75 % des amortissements et 40 % des dépenses de personnel de recherche. La notice 2069-A précise que le taux de 43 % reste applicable aux dépenses de personnel exposées jusqu’au 14 février 2025 : pour l’année 2025, il faut donc ventiler les salaires de part et d’autre de cette date.

Normalisation, sous-traitance et dépenses du CII

Les dépenses de normalisation visent la participation de salariés aux réunions officielles de l’AFNOR et des bureaux de normalisation, du CEN, du CENELEC, de l’ETSI, de l’ISO ou de la CEI, pour des normes concernant les produits de l’entreprise. Elles comprennent les salaires et charges des périodes de réunion (trajet compris) plus un forfait de 30 % pour les autres frais, le tout retenu pour moitié. Pour les chefs d’entreprise individuelle, associés et mandataires sociaux, les frais réels sont plafonnés à 450 € par jour de présence, puis eux aussi divisés par deux. Adapter un produit à une norme ou le faire certifier n’ouvre pas droit au crédit d’impôt à ce titre.

La sous-traitance n’est retenue qu’auprès d’organismes agréés, dans la limite de trois fois les autres dépenses et de 10 M€ (2 M€ en cas de lien de dépendance). Côté CII, réservé aux PME, la base comprend les amortissements et le personnel affectés à la conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits, les frais de brevets, dessins et modèles liés, et les opérations confiées à des entreprises agréées, dans la limite de 400 000 € par an. Le guide du CIR 2025 indique que le forfait de fonctionnement du CII n’existait que jusqu’au millésime 2022. Une même dépense ne peut pas figurer à la fois au CIR et au CII.

Ce qu’il faut déduire : subventions, PTZI, honoraires de conseil

• Subventions publiques, définitivement acquises ou remboursables, versées par des personnes publiques ou des personnes privées chargées d’une mission de service public (définition de l’article 58 de la loi de finances pour 2025, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025). Seule la fraction afférente aux opérations éligibles est déduite, l’année où les dépenses qu’elle couvre sont exposées. Exemple du BOFiP : 70 000 € reçus en décembre N pour 50 000 € de dépenses en N+1 et 60 000 € en N+2 donnent une assiette nulle en N+1 puis de 40 000 € en N+2.
• Subventions remboursées : le montant remboursé redevient une dépense éligible l’année du remboursement.
• PTZI de Bpifrance : assimilés à un financement public, traités comme des subventions remboursables.
• Honoraires de conseil pour obtenir le CIR : la part proportionnelle au crédit obtenu est déduite en totalité ; les autres honoraires sont déduits pour ce qui dépasse le plus élevé de 15 000 € HT ou 5 % des dépenses éligibles nettes de subventions. Avec 400 000 € de dépenses, des honoraires au temps passé de 30 000 € HT entraînent une déduction de 10 000 €.

Déclaration 2069-A-SD : calendrier et annexes

La 2069-A-SD est télédéclarée (procédure EDI-TDFC). Une société à l’IS la dépose avec le relevé de solde n° 2572-SD, soit au plus tard le 15 du 4e mois suivant la clôture ; les autres entreprises, dans le délai de leur déclaration de résultats. Le montant est ensuite reporté sur la 2069-RCI-SD. Au-delà de 10 M€ de dépenses de recherche, appréciés avant déduction des subventions et honoraires, l’état 2069-A-1-SD est obligatoire (part de docteurs, ETP, rémunération moyenne), complété au-delà de 100 M€ par une description des travaux en cours ; selon la notice, son absence est sanctionnée par une amende de 1 500 €. La sous-traitance se détaille sur l’état 2069-A-2-SD.

Checklist des justificatifs à conserver

• Un dossier justificatif annuel, rédigé au fil de l’eau par l’équipe R&D : état de l’art, verrou scientifique ou technique, démarche, résultats, pour chaque opération.
• Pour le personnel : diplômes, CV, fonction, temps passé par opération, coût horaire ou journalier, bulletins de paie.
• Pour les amortissements : registre des immobilisations, calcul des proratas d’usage, attestations de crédit-bail.
• Pour la sous-traitance : décisions d’agrément, contrats, factures, livrables.
• Pour la normalisation : listes émargées et procès-verbaux des réunions, factures.
• Pour les déductions : conventions de subvention ou de PTZI, factures de conseil.

Le ministère met à disposition un modèle de dossier et un tableur de synthèse des coûts. Pour vérifier une ligne précise de votre déclaration, interrogez la base CIR / CII : elle répond à partir du BOFiP, de la notice 2069-A et du guide 2025, avec la source de chaque passage. Exemple : « Dois-je déduire de l’assiette de mon CIR une subvention publique que je devrai rembourser ? ».