Crédit d’impôt recherche et sous-traitance agréée : taux, plafonds et agrément en 2025

Les travaux de R&D que vous confiez à un tiers n’entrent dans votre crédit d’impôt recherche (CIR) que si ce prestataire est agréé par le ministre chargé de la recherche, et dans la limite de deux plafonds : 10 M€ par an (ramenés à 2 M€ en cas de lien de dépendance) et trois fois le montant de vos autres dépenses de recherche. Voici ces règles telles qu’elles figurent au BOFiP mis à jour le 13 août 2025 et dans le guide du CIR 2025 du ministère, avec des exemples chiffrés, la procédure d’agrément et le cas du crédit d’impôt recherche collaborative (CICo).

Quelles dépenses externalisées entrent dans l’assiette du CIR ?

Le BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-10-20-30) retient les dépenses afférentes à de véritables opérations de R&D, nettement individualisées, soit confiées complètement à un organisme de recherche tiers, soit menées dans le cadre d’une collaboration de recherche avec lui. Tout se joue donc sur la nature du contrat : une prestation technique, même pointue, n’est pas de la recherche externalisée.

Ce dernier cas découle de la décision « FNAMS » du Conseil d’État du 22 juillet 2020 : des travaux externalisés accessoires mais nécessaires aux projets de recherche du donneur d’ordre entrent dans son assiette, même s’ils ne sont pas eux-mêmes de la R&D. Le guide du CIR 2025 précise qu’ils ne peuvent être déclarés par le donneur d’ordre que si le prestataire est agréé. En revanche, les cotisations versées à des organismes de recherche ne sont jamais considérées comme nécessaires à une opération de recherche.

La règle de la réalisation directe (sous-traitance en cascade)

Depuis les dépenses exposées en 2020 (loi de finances pour 2020, art. 132), les opérations externalisées doivent être réalisées directement par l’organisme à qui elles sont confiées. Un prestataire de premier rang peut faire appel à un autre organisme éligible pour certains travaux indispensables, mais un troisième rang n’est plus pris en compte. Exemple du BOFiP : l’organisme agréé A facture 1 M€ à l’entreprise E, dont 500 000 € de travaux réalisés par A, 200 000 € sous-traités à un autre organisme agréé et 300 000 € sous-traités à un organisme non éligible. E retient 700 000 € dans la base de son CIR.

Les deux plafonds de la sous-traitance CIR

1. Plafond relatif : les dépenses confiées à des organismes agréés sont retenues dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d’impôt, avant application des plafonds en valeur. Conséquence : une entreprise sans R&D interne ne peut pas bénéficier du CIR sur ce qu’elle sous-traite, et au moins un quart de l’assiette doit correspondre à de la R&D réalisée en interne.
2. Plafond absolu : 10 M€ par an en l’absence de lien de dépendance avec les organismes ; 2 M€ par an s’il existe un lien de dépendance au sens du 12 de l’article 39 du CGI. Le plafond de 2 M€ est inclus dans le plafond global de 10 M€, il ne s’y ajoute pas.

Le lien de dépendance est réputé exister lorsqu’une entité détient, directement ou par personne interposée, la majorité du capital de l’autre ou y exerce le pouvoir de décision, ou lorsque les deux sont placées sous le contrôle d’une même tierce entreprise. Exemple chiffré du BOFiP : une entreprise réalise 800 000 € de R&D interne éligible et confie 3 M€ de travaux à un organisme agréé indépendant. Premier plafond : 800 000 € × 3 = 2,4 M€. Second plafond : 10 M€. On retient le plus bas des deux : 2,4 M€ de dépenses externalisées entrent dans l’assiette.

L’agrément du prestataire : qui, comment, pour combien de temps

Depuis le 1er janvier 2022, tous les organismes de recherche, publics, assimilés publics ou privés, doivent détenir un agrément du ministère chargé de la recherche pour que le donneur d’ordre puisse retenir les dépenses correspondantes. L’agrément vérifie que l’organisme a mené, sous sa responsabilité et par ses propres moyens, des opérations de recherche dont il a défini la démarche scientifique. Les prestataires peuvent être établis en France, dans l’Union européenne ou dans un État de l’EEE ayant conclu avec la France une convention d’assistance administrative. Leur liste est publiée par le ministère, sauf demande contraire de leur part.

• Organismes privés et experts : agrément de 3 ans ; 1 an seulement si aucune opération de recherche n’a été achevée dans les 12 mois précédant la demande ; à partir de la 4e demande (3e renouvellement), 5 ans si le prestataire est agréé sans interruption depuis au moins 9 ans et a achevé une opération de recherche dans les 12 mois précédant la demande (fiche Service Public F35438, vérifiée le 1er juillet 2025).
• Organismes publics de recherche ou assimilés (EPST, EPIC…) : 10 ans.
• Établissements d’enseignement supérieur délivrant le grade de master, COMUE, instituts techniques agricoles, CHU/CHR et centres de lutte contre le cancer, centres techniques industriels, fondations de coopération scientifique : 5 ans.

La demande se dépose sur le portail CIROCO, en service depuis le 1er juillet 2025 ; les demandes envoyées par courriel ne sont pas traitées. Pour un organisme privé, la première demande doit être déposée avant le 31 mars lorsqu’elle porte sur l’année en cours, et un renouvellement avant la fin de l’année d’expiration. Le dossier, en français ou en anglais, présente une seule opération de R&D achevée depuis moins d’un an ou en cours, les diplômes et CV des chercheurs et techniciens affectés (5 personnes au plus) et un Kbis. Le guide indique un délai moyen de traitement de 8 mois à compter du dossier complet ; l’agrément est attribué par année civile entière. Un organisme agréé CIR peut obtenir l’agrément CII sans dossier spécifique ; un agrément CII seul relève du ministère chargé de l’industrie.

En cas de retrait de l’agrément, le donneur d’ordre conserve dans son assiette toutes les dépenses éligibles des contrats signés pendant que le prestataire était agréé, même facturées après le retrait. Les contrats conclus après le retrait ne sont plus éligibles chez lui.

Côté prestataire : pas de double prise en compte

Un prestataire agréé doit exclure de son propre CIR les dépenses éligibles exposées pour les travaux réalisés pour le compte de tiers, et non l’intégralité des sommes reçues (décision « Takima » du Conseil d’État du 9 septembre 2020). Exemple du BOFiP : le prestataire B facture 100 000 € à A et expose 140 000 € de dépenses éligibles, dont 80 000 € pour A ; B déclare 60 000 €, A déclare 100 000 €. Si le donneur d’ordre ne peut pas bénéficier du CIR (organisme public non lucratif, entreprise étrangère), le prestataire agréé peut retenir ces dépenses ; une renonciation volontaire du donneur d’ordre ne le permet pas. À l’inverse, un prestataire non agréé peut inclure ces travaux dans son propre CIR, puisque son client ne le peut pas.

CICo : la recherche collaborative avec un organisme de recherche

Le crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (article 244 quater B bis du CGI), créé par la loi de finances pour 2022, vise les dépenses facturées par un organisme de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC) dans le cadre d’une collaboration de recherche effective. Selon le guide du CIR 2025, son taux est de 50 % pour les PME et de 40 % pour les ETI et grandes entreprises, dans la limite de 6 M€ de dépenses déclarées par an. L’agrément CICo du partenaire est indispensable : les dépenses facturées par une entité non agréée sont exclues. Il est délivré sur présentation de l’agrément CIR et de la reconnaissance de la qualité d’ORDC, sans calendrier de dépôt.

Point d’attention pour les gros déclarants : les dépenses déclarées au CICo comptent dans le seuil de 100 M€ au-delà duquel le CIR tombe à 5 %. Dans l’exemple du BOFiP, une grande entreprise qui expose 98 M€ de dépenses CIR et 6 M€ de dépenses CICo obtient un CICo de 2,4 M€ (6 M€ × 40 %) et un CIR de 28,4 M€ (94 M€ × 30 % + 4 M€ × 5 %). Les règles détaillées d’articulation entre CIR et CICo figurent dans un BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-15-30) qui n’est pas indexé dans la base : vérifiez-le avant de répartir vos dépenses.

Checklist : les justificatifs de vos dépenses externalisées

• La décision d’agrément de chaque organisme, couvrant l’année concernée.
• Les contrats de sous-traitance ou de partenariat, avec cahiers des charges ou annexes scientifiques et financières.
• Les factures, idéalement avec l’identité du prestataire de second rang, son éligibilité et la quote-part correspondant à ses travaux.
• La liste des livrables par organisme et la description des travaux dans la fiche scientifique de l’opération de rattachement.
• L’état 2069-A-2-SD, joint à la déclaration 2069-A-SD, qui liste les organismes, la nature et le montant des contrats.

Vous avez un doute sur un cas précis, par exemple un contrat de collaboration encadrant une thèse CIFRE ou un prestataire établi dans un autre pays de l’UE ? La base CIR / CII de Kopik répond à partir des textes officiels indexés, en citant le passage exact : posez par exemple « Quel est le plafond des dépenses de sous-traitance CIR confiées à un organisme agréé lorsqu’il existe un lien de dépendance avec ce prestataire ? ». Pour une décision engageante, appuyez-vous sur la fiche officielle sur l’agrément et sur votre conseil.